La Segreteria generale come stato maggiore sostiene le responsabile del Dipartimento nella sua attività quotidiana. In particolare:

• coordina gli affari per il Parlamento e il Consiglio federale,
• tiene informata l’opinione pubblica sulle attività del Dipartimento,
• assicura l’attuazione delle pari opportunità nel DFAE,
• nell’ambito dei compiti complessivi del Dipartimento, verifica l’efficacia della gestione interna e dei sistemi di controllo,
• trattare tutte le questioni storiche che interessano il Dipartimento.

Alla Segreteria generale è subordinata Presenza Svizzera.