Entre 2002 et 2007, la DDC a exécuté un Programme d'Appui à la Justice et à la Réconciliation au Rwanda. L'objectif était de contribuer à la réconciliation nationale par le renforcement de l’Etat de droit et de l’accès à la justice. En effet, la guerre civile et le génocide de 1994 ont créé de tels traumatismes au sein de la population rwandaise que seule une patiente reconstruction des liens sociaux permettra le développement du pays et l'établissement d'une paix durable.

Le Programme d'Appui à la Justice et à la Réconciliation de la DDC a appuyé le démarrage puis une partie du suivi du processus des Gacaca (tribunaux populaires) de même que le monitoring indépendant conduit par l’ONG Penal Reform International (PRI). Le programme a contribué à promouvoir l’accès à la justice des groupes vulnérables, notamment en renforçant les capacités institutionnelles des tribunaux de premières instances. Il a soutenu des initiatives en faveur du dialogue et de la réconciliation émanant de la société civile et des activités de sensibilisation et de formation dans le domaine des droits humains. Outre PRI, trois organisations ont été financées par la DDC: l’Institut de Recherche et de Dialogue pour la Paix (IRDP), Avocats Sans Frontières (ASF) et RCN Justice et Démocratie.

En 2004, la capitale du Rwanda Kigali constata que sa population avait été multipliée par cinq en l'espace de dix ans: de 200'000 habitants en 1994 à près d'un million d’habitants! Due à la migration des populations rurales et au retour des réfugiés qui s'installaient en ville pour des questions de sécurité et de besoin d’emploi, cette forte croissance démographique rapide et non maîtrisée provoquait de nombreux problèmes environnementaux (déforestation, érosion, pollution des nappes phréatiques) et générait des besoins importants en équipements urbains pour les habitants de nouveaux quartiers.

Dès lors, la DDC a soutenu le fonctionnement d'un Atelier participatif urbain mis sur pied en mars 2005 par la ville de Kigali et le district de Kicukiro en partenariat avec l'association interntaionales Villes Unies contre la Pauvreté. L'objectif de l'Atelier participatif urbain était d'associer les populations dans l'identification et la mise en oeuvre des projets urbains et de former des techniciens compétents. Les services municipaux de Kigali, des représentants du district de Kicukiro ainsi que plusieurs ministères concernés ont collaboré pour les études, les prospections et la mise en oeuvre du projet.

La DDC a été le soutien principal du Réseau documentaire international sur la région des Grands Lacs africains dès sa création en 1996. L'objectif principal du Réseau est de collecter, traiter et diffuser les informations sur la région afin de contribuer à une information plus ouverte et plus complète, combattre les rumeurs, faciliter le dialogue démocratique et le retour à la paix. Après le génocide au Rwanda, il est en effet apparu que la désinformation systématique et la diffusion de rumeurs alimentaient la haine et les guerres dans les Grands Lacs. Un petit groupe d'universitaires spécialistes de la région a émis alors l'idée d'utiliser les technologies de l'information pour sauvegarder et diffuser des textes authentiques et originaux d'acteurs du terrain, d'observateurs et de chercheurs étrangers.

Le Réseau a effectué un très important travail de collecte, de traitement et de diffusion de documents sur la région, rendant disponible sur son site internet près de 80'000 pages de textes (dont environ 4500 documents inédits). Ces informations sontconsultées avant tout par les étudiants, enseignants et chercheurs du monde entier, les membres des diasporas burundaise, congolaise et rwandaise, les ONG et organisations internationales (dont le TPIR et les avocats qui y interviennent), les médias locaux et internationaux, certains services gouvernementaux et commissions nationales ainsi que les associations de la société civile des pays des Grands Lacs.

Soutenu financièrement jusqu'en 2008, le Réseau fonctionne aujourd'hui de façon autonome. Il dispose de bureaux à Bujumbura, Kigali, Dar es Salaam, Bukavu et Kinshasa. Le bureau de Tanzanie ouvert en juillet 2001 auprès de l’Institute of Development Studies de l’Université de Dar es Salaam est chargé de la gestion technique de la documentation électronique du Réseau. Le siège du Réseau est installé à Genève, en Suisse. Un Comité Scientifique constitué de 30 universitaires renommés, africains ou africanistes issus de vingt institutions académiques d'Afrique, d’Europe, des Etats-Unis et du Canada, conseille et appuie le Réseau.

En 2005-2006, la DDC a soutenu financièrement les activités de l'Initiative pour l'Afrique Centrale (INICA). L'INICA, en collaboration avec le Laboratoire d’Analyse Régionale et d’Expertise Sociale (LARES) de Cotonou (Bénin), a entrepris une étude sur les dynamiques de transformation économique, sociale, politique et leurs acteurs dans la région des Grands Lacs (RDC, Ouganda, Rwanda et Burundi). L’étude visait à comprendre les dynamiques régionales dans la perspective de faciliter la relance de l’économie post-conflit dans les Grands Lacs, et à proposer quelques actions concrètes et réalistes allant dans le sens de cette facilitation et répondant aux besoins des populations. Le présupposé était que le renforcement des échanges économiques transfrontaliers peut représenter un premier pas décisif en direction d'une intégration économique régionale plus large, de la paix et de la stabilité en Afrique des Grands Lacs.

Les analyses ont porté sur quelques problématiques prioritaires: questions démographiques, migrations, économie régionale entre agro-pastoralisme et exploitation minière, infrastructures de transport et communication, dynamiques urbaines... Pour la réalisation de l'étude, l'INICA a pu compter sur la collaboration du Laboratoire d’Analyse Régionale et d’Expertise Sociale (LARES/Cotonou), du Bureau Afrique de l'Est de la Commission Economique pour l'Afrique (CEA) basé à Kigali, de l'ONG Internationale hollandaise SNV, de diverses ONG et institutions scientifiques.

Depuis 2005, la DDC a soutenu le processus électoral en République démocratique du Congo (RDC) à plusieurs reprises. La finalité de l’appui accordé à la tenue d'élections transparentes et crédibles en RDC était de permettre la sortie de la période de transition et la mise en place progressive d’institutions démocratiques et légitimes qui garantiraient l’établissement d’un Etat de droit et le développement économique et social du pays.

La DDC a régulièrement contribué financièrement aux trust fund multilatéraux mis en place par le PNUD en collaboration avec la division électorale de la MONUC et la Commission Electorale Indépendante (CEI). Elle a également financé les activités d'un ensemble d’organisations de la société civile congolaise engagées dans des opérations d’éducation civique. Parmi elles, la DDC a directement soutenu la Conférence Episcopale Nationale du Congo (CENCO) et le Bureau d'Etudes et d'Expertise pour le Développement (BEED) à Goma à travers des partenariats établis respectivement avec deux organisations suisses d'entraide présentes depuis plusieurs années en RDC: l'Action de Carême et l'Entraide Protestante Suisse (EPER). La CENCO a mis en place un programme national d’éducation civique pour la préparation des populations aux élections. Le BEED a, lui, exécuté un programme spécifique de Participation Citoyenne pour la Culture Démocratique (PACY) élaboré par l'EPER avec plusieurs partenaires locaux.

De 1996 à 2008, la DDC a encouragé la formation de professionnels en santé mentale au Rwanda. Les domaines de l'Aide humanitaire puis de la Coopération régionale de la DDC ont d'abord soutenu un projet intitulé « Plan de formation – action en cours d’emploi » en collaboration avec le Ministère de la Santé du Rwanda et des spécialistes des Hôpitaux Universitaires de Genève (HUG). Le but était de former des professionnels rwandais de la psychiatrie susceptibles de couvrir à la longue les besoins accrus du pays dans le domaine suite au génocide de 1994. Un psychiatre et un infirmier en psychiatrie des HUG sont venus en mission à Kigali de novembre 1996 à décembre 1999 pour former des médecins, psychologues, infirmiers et assistants sociaux au sein de l’Hôpital psychiatrique national de référence de Ndera puis dans le Service de consultations psychosociales de Kigali (SCPS) mis sur pied avec l’appui du projet.

En 2004, le Ministère rwandais de la Santé a sollicité les HUG pour que des psychiatres rwandais puissent être formés en Suisse. De 2006 à 2008, trois médecins psychiatres rwandais ont pu effectuer un stage de perfectionnement à Genève grâce à un financement de la DDC. L'objectif du programme était d’assurer la relève de médecins spécialisés pour contribuer à l’entretien et à la pérennisation du système de soins psychiatriques au Rwanda et à la mise sur pied d'un curriculum de formation en psychiatrie en collaboration avec l’Université nationale du Rwanda. Le Ministère rwandais de la Santé s'est, lui, engagé à assurer la coordination générale de la politique de santé mentale du pays.

En 2003, la DDC a initié le progamme Paix et Décentralisation (PED) pour soutenir et accompagner la politique de décentralisation adopté par le gouvernement rwandais en 2000. Le processus qui consistait en un transfert de plusieurs responsabilités de l’Etat Central aux gouvernements locaux, nécessitait un personnel plus nombreux et plus compétent et beaucoup plus d’infrastructures et équipements. La Direction du Développement et de la Coopération (DDC) s’est alors engagée à assister le Rwanda dans ce processus en soutenant quatre districts de la province de l’Ouest: le district de Karongi, de Rutsiro, de Nyamasheke et de Rusizi.

Plus concrètement, le PED a été à la base de la création et la mise en place de quatre produits principaux: l’autoévaluation par «gradings», le fond rotatif d’équipements, FORMADIS et le financement de plusieurs projets.

On compte au total 714 projets financés par le PED à hauteur de 1'620'000'000FRW (2'760'000 dollars US) de 2003 à Juin 2010. Les projets financés visaient essentiellement le développement des quatre districts de la zone d’intervention dans quatre domaines d’appui: infrastructures et équipements, projets sociaux (construction d’écoles, routes, etc) et le renforcement des capacités.

Dans le domaine de l’équipement, le PED en collaboration et sur demande des districts, a financé des équipements informatiques (laptops) et logistiques (motos). Cet équipement a été donné aux districts pour créer un fond d’équipement et servir en location-vente pour générer de nouveaux équipements. Ce système a montré un impact positif sur la qualité des services rendus par le personnel bénéficiaire, sa motivation et la bonne gestion du matériel reçu. Cet appui a aussi entraîné une rapidité dans la rédaction des rapports et le suivi des projets sur le terrain.

Parallèlement, le programme a aussi initié la structure FORMADIS dans les districts, pour améliorer le savoir-faire professionnel du personnel et le fonctionnement organisationnel des districts à travers des formations et des réflexions. Autonome, la structure FORMADIS se charge de planifier, d’organiser, de préparer et d’exécuter les formations; tout en vérifiant la qualité des formations dispensées, le choix des formateurs ainsi qu'en assurant le suivi post-formation. Fonctionnelles, les cellules FORMADIS implantées dans chaque district, ont acquis une expérience impressionnante et très satisfaisante:16'043 fonctionnaires ont été formé depuis 2003 sur différents thèmes comme la planification, passation des marchés publics, gestion des projets, gestion financière et comptable, utilisation du matériel informatique, etc .

Le PED a aussi contribué à améliorer la qualité du travail fourni par l’administration locale en introduisant en 2007, le concept d’autoévaluation par «gradings». Grâce à cet outil, les élus des quatre districts ont pu évaluer la performance des structures de gouvernance comme le conseil des districts et le JADF (Joint Action Development Forum) sur une échelle graduelle allant de l’excellent au médiocre. Ceci leur a permit d’améliorer leur travail en identifiant les bonnes et les mauvaises pratiques puis d’améliorer le médiocre et de maintenir l’excellent.