En abril de 1999, para lograr su sostenibilidad institucional el Programa se convierte en la Fundación Medio Ambiente Minería e Industria y tuvo como miembros fundadores al Viceministerio de Minería y Metalurgia, la Federación Nacional de Cooperativas Mineras (Fencomin), Projekt-Consult GmbH de Alemania y COSUDE. En el entendido de que los problemas ambientales generados por una actividad productiva como es la minería, requieren necesariamente de soluciones técnicas, MEDMIN contribuyó a la disminución de la contaminación a través de la implementación de una serie de medidas ambientales que paralelamente también significaron una ventaja económica a través de la optimización de los procesos productivos. Inicialmente el trabajo del Programa MEDMIN se centró en el desarrollo y difusión de las denominadas tecnologías limpias, asistencia técnica para los pequeños mineros en temas ambientales y productivos.

Apoyo a la elaboración y difusión de la Legislación Ambiental, coordinación interinstitucional a nivel nacional e internacional, capacitación de personal en temas minero/ambientales, etc. Los resultados de la primera fase fueron la existencia de un pool de tecnologías limpias probadas en su funcionamiento, difusión continua de tecnologías ambientales para la mitigación de las emisiones de mercurio.