En Roumanie, la Suisse travaille en partie via des fonds thématiques. Il existe au total sept fonds thématiques sur les thèmes suivants: sécurité, société civile, partenariats, intégration des Roms, santé, recherche et bourses.

Les fonds thématiques sont gérés par des institutions suisses (Swiss Intermediate Bodies), qui analysent les propositions de projet et recommandent à la Suisse de les approuver. Le travail dans le cadre de fonds thématiques recèle divers avantages: la limitation à sept thèmes spécifiques permet un ciblage. Il garantit en outre une sélection judicieuse et une réalisation efficiente des projets, puisque l’encadrement est assuré par un partenaire suisse disposant d’une grande expérience dans le domaine correspondant. Les fonds thématiques pour la Roumaine sont les suivants: