La Svizzera opera in Bulgaria in parte mediante i cosiddetti fondi tematici. Nel complesso vi sono 6 fondi tematici relativi ai sette campi tematici: sicurezza, società civile, partenariati, integrazione dei Rom, sanità, ricerca e borse di studio.

I fondi tematici sono amministrati da istituzioni svizzere (Swiss Intermediate Bodies), che analizzano le proposte di progetto e le raccomandano alla Svizzera per approvazione. L’attività con i fondi tematici comporta diversi vantaggi, tra cui rientra ad esempio la concentrazione tematica, garantita dalla restrizione a sette campi tematici. Questo sistema permette una scelta razionale nonché un’attuazione dei progetti efficiente e corretta, dato che questi sono seguiti da un partner svizzero che possiede vaste conoscenze specifiche relative ai rispettivi campi tematici. I seguenti fondi tematici sono attuati in Bulgaria: