El programa de la SECO aplica los cinco principios de la Declaración de Paris del 2005 para una cooperación eficaz al desarrollo: apropiación, alineación, armonización, gestión orientada a resultados y responsabilidad mutua. En este sentido las estrategias de la SECO son coherentes con las Estrategias de Colombia para la Cooperación Internacional 2007–2010 y 2012-2014 así como con las prioridades identificadas en los Planes Nacionales de Desarrollo 2006- 2010 y 2010-2014.
Las contribuciones de la SECO tienen como característica ser noreembolsables, se enfocan en la asistencia técnica y la capacitación, e incluyen componentes de innovación y replicación. Adicionalmente, buscan la generación de un bien público así como un impacto en el sistema. De gran importancia son los temas transversales como la gobernabilidad económica, la energía, el medio ambiente y el clima.
La SECO lleva a cabo los proyectos de forma bilateral o multi-bilateral (financiamiento bilateral pero implementación realizada por una agencia multilateral), y participa también en iniciativas o programas globales con otros cooperantes.
La SECO se encuentra evaluando, desarrollando y ejecutando varios proyectos de cooperación económica que se enmarcan en las áreas de cooperación anteriormente definidas. Las propuestas municipales o nacionales canalizadas por los diferentes Ministerios, ONGs o entes mixtos/privados son recibidas por la oficina de la SECO en la Embajada de Suiza de Bogotá.
