Chaque partie est responsable de la bonne application des accords bilatéraux sur son territoire. En Suisse, les accords ou les déclarations d'intentions politiques sont mis en œuvre par les offices fédéraux compétents (d'entente avec la Direction des affaires européennes DAE qui est coresponsable).

Les cantons sont responsables de la mise en oeuvre dans leurs domaines de compétence. Des informations sur les différents accords et leur application peuvent en particulier être obtenues auprès des offices fédéraux suivants:

Accords bilatéraux avant 1999

• Libre-échange: Secrétariat d'Etat à l'économie SECO
• Assurances: Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers FINMA
• Facilitation et sécurité douanières: Administration fédérale des douanes AFD

Accords bilatéraux I (1999)

• Libre circulation des personnes: Secrétariat d'Etat aux migrations SEM
• Obstacles techniques au commerce: Secrétariat d'Etat à l'économie SECO
• Marchés publics: Secrétariat d'Etat à l'économie SECO
• Agriculture: Office fédéral de l'agriculture OFAG
• Agriculture/ Accord vétérinaire: l'Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires OSAV
  
• Recherche: Secrétariat d’Etat à la formation, à la recherche et à l'innovation SEFRI
• Transport aérien: Office fédéral de l'aviation civile OFAC
• Transports terrestres: Office fédéral des transports OFT

Accords bilatéraux II (2004)

• Schengen/Dublin: Office fédéral de la justice OFJ
• Echange automatique de renseignements (anchien accord sur la fiscalité de l'épargne): Département fédéral des finances DFF
• Lutte contre la fraude: Département fédéral des finances DFF
• Produits agricoles transformés: Secrétariat d'Etat à l'économie SECO
• MEDIA: Office fédéral de la culture OFC
• Environnement: Office fédéral de l'environnement OFEV
• Statistique: Office fédéral de la statistique OFS
• Pensions: Administration fédérale des contributions AFC
• Education, formation professionnelle, jeunes: Secrétariat d’Etat à la formation, à la recherche et à l'innovation SEFRI

Accords bilatéraux et coopérations à partir de 2004

• Europol: Office fédéral de la police fedpol
• Procédures de sécurité pour l'échange d'information classifiées: Département fédéral des finances DFF / Secrétariat d'Etat aux questions financières SFI
• Eurojust: Office fédéral de de la justice OFJ
• Contribution à l'élargissement: Direction du développement et de la coopération DDC / Secrétariat d'Etat à l'économie SECO
• Collaboration avec l'agence européenne de défense (AED): Office fédéral de l'armement armasuisse
• Droit de la concurrence: Secrétariat d’Etat à l’économie SECO
• Navigation par satellite (Galileo et Egnos): Secrétariat d'Etat à la formation, à la recherche et à l’innovation SEFRI
• EASO: Secrétariat aux migrations SEM
• Fiscalité des entreprises: Secrétariat d’Etat aux questions financières internationales SFI