Chaque partie est responsable de la bonne application des accords bilatéraux sur son territoire. En Suisse, les accords ou les déclarations d'intentions politiques sont mis en œuvre par les offices fédéraux compétents (d'entente avec la Direction des affaires européennes DAE qui est coresponsable).
Les cantons sont responsables de la mise en oeuvre dans leurs domaines de compétence. Des informations sur les différents accords et leur application peuvent en particulier être obtenues auprès des offices fédéraux suivants: