La seconde série d’accords, les Accords bilatéraux II, prend en compte de nouveaux intérêts économiques (industrie des denrées alimentaires, tourisme, place financière) et élargit la coopération entre la Suisse et l’UE à d’autres domaines importants dépassant le seul cadre économique, tels que la sécurité intérieure, l’asile, l’environnement ou la culture.

En dépit des déclarations d’intention formulées de part et d’autre dans les actes finaux des Accords bilatéraux I de 1999, la Commission européenne est d’abord restée sceptique quant au lancement de nouvelles négociations. Bruxelles a finalement accepté d’entamer un deuxième cycle de négociations car elle avait deux nouvelles requêtes importantes à l’égard de la Suisse. L’UE souhaitait, d’une part, inclure la Suisse dans ses plans visant à régler l’imposition transfrontalière des revenus de l’épargne. Elle tenait, d’autre part, à intensifier la coopération dans la lutte contre la fraude en matière de fiscalité indirecte (notamment contre la contrebande de cigarettes).

La Suisse a accepté de négocier dans ces deux domaines, mais à une condition: les négociations devaient également porter sur des dossiers intéressant la Suisse, dont sa participation à la coopération de Schengen/Dublin en matière de sécurité et d’asile (coopération dans les domaines de la justice, de la police, de l’asile et de la migration) et les divers domaines cités dans la déclaration d’intention jointe aux textes des Accords bilatéraux I (produits agricoles transformés, statistique, environnement, MEDIA, éducation, pensions et services). 

Les négociations dites des Bilatérales II entre la Suisse et l’UE, débutées en juin 2002, portaient sur dix dossiers. La négociation sur le dossier de la libéralisation des services a été suspendue d’un commun accord en mars 2003 en raison du grand nombre de questions restées en suspens. Une étape importante a été franchie en juin 2003 avec l’accord politique trouvé dans le dossier de la fiscalité de l’épargne. Le 19 mai 2004, à l’occasion d’un sommet Suisse-UE, un accord politique a pu être trouvé sur les autres points politiquement sensibles, à savoir la question de l’échange d’informations en matière de délits fiscaux dans le cadre de l’entraide judiciaire et administrative: 

• Dans l’association à Schengen/Dublin, la Suisse bénéficie d’une dérogation permanente (opt-out) pour le cas où un développement de l’acquis de Schengen devrait conduire à une obligation d’entraide judiciaire y compris pour les délits de soustraction d’impôt;
• En matière de lutte contre la fraude, la Suisse étend sa coopération aux cas de délits de soustraction dans le domaine de la fiscalité indirecte (traitement national).

Pendant toute la durée des négociations, la Suisse a observé le principe du parallélisme: pour Berne, une conclusion ne pouvait concerner que l’ensemble des accords. C’est notamment grâce à cette stratégie de négociation qu’a pu être obtenu un résultat global équilibré, qui prend en compte les principaux intérêts de la Suisse ainsi que ceux de l’UE. Comme le souhaitait la Suisse, tous les accords, y compris Schengen/Dublin, ont été conclus conjointement. En contrepartie, la Suisse coopère avec l’UE dans le domaine de l’imposition transfrontalière des revenus de l’épargne et étend sa coopération en matière de lutte contre la fraude (fiscalité indirecte).

Le 26 octobre 2004, les Accords bilatéraux II ont été signés, puis ratifiés par le Parlement suisse sous forme d’arrêtés fédéraux distincts le 17 décembre 2004. Sept accords étaient soumis au référendum facultatif. Un seul référendum a finalement été déposé, contre l’accord d’association à Schengen/Dublin. Le 5 juin 2005, le peuple suisse a approuvé cet objet par 54,6% des voix. Contrairement aux Accords bilatéraux I, les Accords bilatéraux II ne sont pas liés juridiquement entre eux; ils peuvent entrer en vigueur selon des modalités propres et indépendamment les uns des autres. Tous ces accords sont désormais entrés en vigueur, à l’exception de l’accord sur la lutte contre la fraude. Les accords Schengen/Dublin sont entrés formellement en vigueur le 1er mars 2008: la participation opérationnelle est effective depuis le 12 décembre 2008, à la suite d’une procédure d’évaluation au cours de laquelle un groupe d’experts Schengen a contrôlé si la Suisse respectait les standards Schengen dans divers domaines (protection des frontières extérieures, système d’information Schengen SIS, protection des données, visas, coopération policière). L’entrée en vigueur a été parachevée le 29 mars 2009 et les aéroports ont pu introduire le régime de Schengen en même temps que les changements des horaires de vols.