Die grenzüberschreitende Zusammenarbeit beruht sowohl auf internationalem Recht als auch auf Bundes- und kantonalem Recht. In Europa bildet das Madrider Übereinkommen den rechtlichen Rahmen für die grenzüberschreitende Zusammenarbeit. Verhandlungen führt der Bundesrat, dabei handelt er auf Ersuchen und im Namen der jeweiligen Kantone, berücksichtigt aber die Interessen der Eidgenossenschaft und anderer Kantone.

Das Madrider Übereinkommen fördert den Abschluss von grenzüberschreitenden Vereinbarungen zwischen Gemeinden und Regionen. Es bildet den rechtlichen Rahmen für die Zusammenarbeit unterhalb der nationalstaatlichen Ebene, zum Beispiel in den Bereichen regionale, städtische und ländliche Entwicklung sowie Umweltschutz, Verbesserung der Infrastruktur und Katastrophenhilfe. Die Parteien verpflichten sich, Schwierigkeiten aus dem Weg zu räumen, welche die grenzüberschreitende Zusammenarbeit behindern könnten.

Mit dem Karlsruher Übereinkommen wurden die Grundsätze des Madrider Übereinkommens zwischen der Schweiz, Deutschland, Frankreich und Luxemburg konkretisiert. 

Madrider Übereinkommen: Grundstein und rechtlicher Rahmen für die grenzüberschreitende Zusammenarbeit in Europa

Das Rahmenübereinkommen vom 21. Mai 1980 über die grenzüberschreitende Zusammenarbeit zwischen Gebietskörperschaften oder Behörden (Madrider Übereinkommen) wurde vom Europarat verabschiedet. Die Schweiz ist wie ihre Nachbarn Mitglied und hat die Zusatzprotokolle ratifiziert.

• Zusatzprotokoll vom 9. November 1995: soll die grenzüberschreitende Zusammenarbeit zwischen den europäischen Ländern stärken und anerkennt das Recht von Gebietskörperschaften, unter bestimmten Bedingungen Abkommen zur grenzüberschreitenden Zusammenarbeit abzuschliessen.
• Zusatzprotokoll vom 5. Mai 1998: bezweckt die Förderung der Zusammenarbeit zwischen nicht direkt aneinandergrenzenden Gebietskörperschaften.
• Zusatzprotokoll vom 16. November 2009: regelt die Schaffung von Verbünden für euroregionale Zusammenarbeit (VEZ), welche Rechtspersönlichkeit erhalten.

Karlsruher Übereinkommen: Förderung der Schaffung von grenzüberschreitenden Gremien

Der Bundesrat unterzeichnete 1996 gemeinsam mit den Regierungen Deutschlands, Frankreichs und Luxemburgs das Karlsruher Übereinkommen über die grenzüberschreitende Zusammenarbeit zwischen Gebietskörperschaften und örtlichen öffentlichen Stellen. Die Schweiz ist dem Abkommen bis heute im Namen der Kantone Solothurn, Basel-Stadt, Basel-Landschaft, Aargau, Jura Schaffhausen, Bern, Neuenburg, Waadt, Genf und Wallis beigetreten. Es enthält Bestimmungen über den Abschluss von Zusammenarbeitsverträgen sowie über die Schaffung von grenzüberschreitenden Einrichtungen (örtliche Zweckverbände).

EU-Verordnung über den Europäischen Verbund für territoriale Zusammenarbeit (EVTZ)

Gemäss der Verordnung des Europäischen Parlaments und des Rates über den Europäischen Verbund für territoriale Zusammenarbeit (EVTZ) können solche Verbunde auf dem Gebiet der EU gegründet werden. Ihr Ziel ist es, die grenzüberschreitende, transnationale und/oder interregionale Zusammenarbeit zwischen ihren Mitgliedern zu erleichtern und zu fördern. Ein EVTZ besitzt Rechtspersönlichkeit. Seine Mitglieder können Mitgliedstaaten, regionale Gebietskörperschaften, lokale Gebietskörperschaften und Einrichtungen des öffentlichen Rechts sein. Gebietskörperschaften aus einem EU-Mitgliedstaat oder aus angrenzenden Drittländern können einen EVTZ gründen. Dies ist für die Schweizer Kantone interessant um nachbarschaftliche Kooperationsmöglichkeiten gestalten zu können.

Bundesverfassung: Enge Zusammenarbeit zwischen Bund und Kantonen

Der Abschluss von Staatsverträgen ist grundsätzlich Sache des Bundes, Die Kantone können aber in Gebieten ihrer Zuständigkeit Verträge mit dem Ausland abschliessen. Das Schweizer Recht fordert bei grenzüberschreitenden Angelegenheiten eine enge Zusammenarbeit zwischen Bund und Kantonen. Kantone können mit den untergeordneten – lokalen oder regionalen – Behörden direkte Kontakte pflegen, etwa um konkrete nachbarschaftliche Probleme zu regeln.

Die Kantone können nicht direkt mit den Zentralbehörden eines ausländischen Staates verkehren. Hierfür sieht die Bundesverfassung eine Vermittlung des Bundes vor. Es ist Sache des Bundesrats, Verhandlungen zu führen, Verträge zu unterzeichnen und zu ratifizieren. Dabei handelt der Bundesrat auf Ersuchen und im Namen der jeweiligen Kantone unter Berücksichtigung der Interessen der Eidgenossenschaft und anderer Kantone.

Meist schliesst der Bundesrat solche Verträge im Namen eines Kantons ab. Dieser ist Vertragspartner und muss den Vertrag nach kantonalem Verfahren genehmigen. Ist ein Vertrag für den Bund von direktem Interesse, kann ihn der Bundesrat auch in seinem eigenen Namen abschliessen.