In ihrer Funktion als offizielle Vertretung der Schweiz beim Heiligen Stuhl ermöglicht die Botschaft die Vertiefung und Konkretisierung des Potenzials für eine Zusammenarbeit mit Bezug auf die gemeinsamen Schwerpunkte der Aussenpolitik beider Staaten, nämlich die Friedensförderung, die Menschenrechte und das humanitäre Völkerrecht oder die nachhaltige Entwicklung. Die Botschaft vertritt auch die Interessen der Schweiz in den Bereichen Innenpolitik, Finanzen, Rechtsfragen, Wissenschaft, Bildung und Kultur. Sie pflegt zudem die Beziehungen zur Päpstlichen Schweizergarde.

Die Schweiz und der Heilige Stuhl haben in mehreren Bereichen ähnliche Werte und Interessen. Die Friedensförderung, der Kampf gegen die Todesstrafe und die nachhaltige Entwicklung, um nur die wichtigsten zu nennen. Der Beschluss des Schweizer Bundesrates vom 1. Oktober 2021, eine Botschaft beim Heiligen Stuhl zu eröffnen, und die Ernennung eines ständigen Botschafters ab Sommer 2022 ermöglichen es, dem seit vielen Jahren festgestellten Anstieg der diplomatischen Aufgaben bestmöglich zu begegnen und das Potenzial für die bilaterale Zusammenarbeit in den prioritären Bereichen der Außenpolitik des Bundes auszuschöpfen. Die Präsenz einer ständigen diplomatischen Vertretung im Herzen des Vatikans ermöglicht einen ständigen Dialog über politische und gesellschaftliche Themen, die für die bilateralen Beziehungen von grösster Bedeutung sind. 

Die Einrichtung der neuen Botschaft ermöglicht es auch, die Zusammenarbeit mit der Päpstlichen Schweizergarde und der kleinen Schweizer Gemeinschaft zu verstärken. Seit 1506 schützt diese Truppe, die aus über 100 Schweizer Soldaten besteht, den Papst und seine Residenz.

Darüber hinaus setzt sich die Botschaft für die Zusammenarbeit in den Bereichen Wissenschaft und Bildung ein, wobei sie insbesondere darauf achtet, die Zusammenarbeit zwischen den beiden Ländern in den Bereichen Forschung und Innovation zu stärken. 

Im kulturellen Bereich setzt sich die Botschaft für die Förderung des gegenseitigen Verständnisses und die Umsetzung der Kulturpolitik der Schweiz ein. Sie verstärkt insbesondere die Kontakte mit und zwischen den relevanten kulturellen Institutionen in der Schweiz und im Land des Wohnsitzes sowie der Künstler/innen. Die von der Botschaft oder mit ihrer Unterstützung organisierten Veranstaltungen sollen der kulturellen Tätigkeit der Schweiz eine bessere Sichtbarkeit verschaffen und Brücken zwischen verschiedenen Kulturen schlagen.

Im Bereich der Medien agiert die Botschaft als Schnittstelle zwischen der Schweizer Regierung und den offiziellen Vertretungen im Gastland sowie nationalen und internationalen Medien im Gastland. Sie unterstützt die Arbeit von Journalisten, die für Schweizer Medien arbeiten.