Die bilateralen Beziehungen der beiden Länder sind nicht intensiv. Es wird jedoch erwogen, sie auszubauen, namentlich im Hinblick auf Stipendien und Unterstützung für nichtstaatliche Organisationen.

Seit 2007 ist der Botschafter bzw. die Botschafterin der Schweiz in Antananarivo (Madagaskar) auch in Moroni (Komoren) akkreditiert. Im April 2012 traf der Schweizer Botschafter mit dem Minister für Aussenbeziehungen und Zusammenarbeit, dem Präsidenten des Parlaments, dem Präsidenten der Insel Grande Comore, mehreren Parlamentsabgeordneten sowie dem diplomatischen Berater des Präsidenten der Union zusammen, um die bilateralen Beziehungen zu vertiefen.

Die Wirtschafts- und Handelsbeziehungen zwischen der Schweiz und den Komoren sind bescheiden, besitzen jedoch Entwicklungspotenzial.

Forschende und Kulturschaffende von den Komoren können sich beim Staatssekretariat für Bildung und Forschung (SBF) um Bundes-Exzellenz-Stipendien bewerben.

Die Schweizer Botschaft in Antananarivo hat beschlossen, finanzielle Unterstützung für kleinere Aktivitäten im Bereich Entwicklung und Schutz der Menschenrechte ab 2013 auch für nichtstaatliche Organisationen mit Sitz auf den Komoren zur Verfügung zu stellen.

Zwei Schweizer Staatsangehörige haben sich bei der Botschaft in Antananarivo als Personen mit ständigem Aufenthalt auf den Komoren registrieren lassen. Alle anderen Schweizer Staatsangehörigen auf den Komoren sind entweder Touristen oder Mitarbeitende von Hilfswerken oder von Projekten nichtstaatlicher Organisationen.

Zwei Jahre nach der Unabhängigkeitserklärung der Union der Komoren 1975 nahm die Schweiz diplomatische Beziehungen zu dem neuen Staat auf. Von 1977 bis 2007 war die Schweizer Botschaft in Tansania für die Beziehungen zu den Komoren zuständig.