Dopo 450 anni di colonizzazione portoghese e una breve guerra civile, nel 1975, poco dopo la dichiarazione d’indipendenza, Timor-Leste viene annesso dall’Indonesia.
Nel 1999, al termine di scontri sanguinosi, il Paese passa sotto l’amministrazione transitoria dell’ONU (UNTAET e UNMIT). La Svizzera fornisce un ampio sostegno alle vittime e destina fondi per finanziare le forze di pace dell’ONU.
Le relazioni diplomatiche sono formalizzate nel 2002 in occasione della 57a Assemblea generale dell’ONU, con la firma di un comunicato congiunto da parte dell’allora consigliere federale Joseph Deiss e del ministro degli affari esteri José Ramos Horta.
La Svizzera partecipa alle missioni di osservazione elettorale organizzate dall’Unione europea nel 2007 in occasione delle presidenziali e in seguito delle legislative, inviando ogni volta due osservatori. Per le elezioni del 2012 la Svizzera invia un solo osservatore. Infine, partecipa di nuovo come osservatrice alle elezioni parlamentari tenutesi nel luglio del 2017.