Le Secrétariat d'État est responsable de la mise en œuvre des grands axes et des priorités de la Stratégie de politique extérieure fixés par le Conseil fédéral ainsi que des sous-stratégies géographiques et thématiques.
À ce titre, le Secrétariat d'État coordonne la politique européenne et les activités de politique extérieure au sein du DFAE et entre les départements. Il préserve les intérêts helvétiques et le développement des relations bilatérales et multilatérales avec les pays partenaires, les institutions européennes et les organisations internationales comme l’ONU ou l’OSCE.
Lui sont subordonnées les représentations à l’étranger, les divisions géographiques (Europe, Eurasie, Amériques, Asie et Pacifique, Afrique, MENA) et les divisions thématiques (Paix et droits de l’homme, Sécurité internationale, Numérisation, Prospérité et durabilité, ONU). Le Protocole et la division Policy-Planning sont également rattachés au Secrétariat d’État.
M. Alexandre Fasel est Secrétaire d’État du DFAE.